In ihren sieben Antragsverfahren (Erst- und Zweitanträge, Schlüsselprojekte, Else Kröner-Memorial-Stipendien, Else Kröner-Exzellenzstipendien, Else Kröner Clinician Scientist Professuren sowie Else Kröner-Promotionskollegs für Medizinstudenten und Else Kröner-Forschungskollegs für Ärzte) fördert die EKFS Mediziner, die Forschung und Klinik in ihrem Berufsweg verbinden wollen (Clinician Scientists), Nachwuchswissenschaftler, die in der Medizin arbeiten, und Forscher, die Schlüsselprojekte durchführend wollen, die Durchbrüche in der Diagnose und Therapie von Erkrankungen erwarten lassen.

In der Translatorik-Förderlinie werden anwendungsorientierte Forschungsprojekte gefördert, die helfen sollen, Lücken zwischen medizinisch-naturwissenschaftlicher Grundlagenforschung und ihrer Anwendung im klinischen Alltag möglichst rasch zu schließen.