In ihren sechs Antragsverfahren fördert die EKFS Mediziner, die Forschung und Klinik in ihrem Berufsweg synergetisch verbinden wollen (sogenannte Clinician Scientists), Nachwuchswissenschaftler, die in der Medizin arbeiten, und Forscher, die Schlüsselprojekte durchführen wollen, die Durchbrüche in der Diagnose und Therapie von Erkrankungen erwarten lassen.

Weiterhin fördert die Stiftung mit dem Else Kröner-Fresenius-Zentrum für Ernährungsmedizin in München ein Institut, das nachhaltig Ernährungsfragen in der Medizin angeht. Mit dem in der Auswahl befindlichen Else Kröner-Fresenius-Zentrum für klinische Forschung will die EKFS zudem ein Reformmodell der deutschen Hochschulmedizin aufbauen.

In der Translatorik-Förderlinie werden anwendungsorientierte Forschungsprojekte gefördert, die helfen sollen, Lücken zwischen medizinisch-naturwissenschaftlicher Grundlagenforschung und ihrer Anwendung im klinischen Alltag möglichst rasch zu schließen.